五芳斋高度重视食品安全、产品和服务的质量控制，实行垂直品控管理机制，对供应商准入和评审，原辅材料、包装物的采购、验收、入库和存储，生产操作规范，厂区和生产车间的环境卫生，半成品、产成品的全过程监视、检测、存储和运输，员工健康和个人卫生等各个环节的操作进行规范，严格的质量控制贯穿采购、生产、销售、包装及储运等每个环节。

此外，公司十分注重对自主知识产权进行保护，专门成立了标准化管理组，指定专人负责开展专利的申请和保护工作。

五芳斋在全国同行业率先通过了ISO9001、ISO22000国际质量体系认证，后又导入ISO14001环境管理体系和OHSAS18001职业健康安全管理体系。